Planen ska bland annat reda ut den idag ofta oklara ansvarsfördelningen mellan sjukvårdshuvudmännen och SMI när det gäller resistensövervakning och epidemiologisk typning.
Planen ska också ta upp hur resistensövervakningen ska utvecklas och utvärderas.
Uppdraget ska utgöra en del av den kommande generella handlingsplanen om antibiotikaresistens och vårdrelaterade infektioner.
Smittskyddsinstitutet ska redovisa uppdraget senast i årsredovisningen för 2011.